Je endoskopické vyšetrenie časti dolného tráviaceho traktu (časti hrubého čreva) bez štandardnej kolonoskopickej prípravy. Vyšetrenie realizujeme kolonoskopom (endoskopom používaným na štandardné kolonoskopie), avšak len v čiastočnom rozsahu, teda nie je vyšetrené celé hrubé črevo. Účelom vyšetrenia je orientačné zhodnotenie koncových častí hrubého čreva v prípade náhle vzniknutého krvácania, bolestí, zmeny charakteru vyprázdňovania a podobne, a to aj za cenu redukovaného prehľadu vzhľadom k prítomnosti zvyškov stolice. K vyšetreniu je vhodné prísť v čo najkratšom časovom odstupe od poslednej stolice. Dĺžka prezretej časti hrubého čreva závisí od vyšetrujúceho lekára (resp. je individuálna podľa charakteru ťažkostí pacienta a prehľadnosti). Najčastejším typom parciálnej natívnej kolonoskopie je natívna rektosigmoskopia, kde lekár vyšetruje a hodnotí konečník a nasledujúcu esovitú časť hrubého čreva.