Najpodstatnejším dôvodom je skríning kolorektálneho karcinómu (teda zhubného nádoru – rakoviny hrubého čreva). Je smutným faktom, že vo výskyte tohto zákerného, avšak pri skorej diagnostike často liečiteľného ochorenia, je Slovensko na 3. mieste na svete, a dokonca na 1. mieste v úmrtnosti. Okrem faktorov prostredia (fajčenie, alkohol, stres, veľké množstvo konzumovaného červeného mäsa…), hrá podstatnú úlohu v riziku jeho vzniku aj dedičnosť. Je známe, že riziko jeho vzniku je niekoľkonásobne vyššie u prvostupňových príbuzných pacientov trpiacich týmto ochorením. Aktuálne najrozšírenejšou skríningovou metódou jeho záchytu, je takzvaný TEST NA OKULTNÉ (teda skryté) KRVÁCANIE v stolici (tzv. FOB test – faecal occult bleeding). Je potrebné si uvedomiť, že pozitivita tohto testu neznamená prítomnosť nádoru hrubého čreva, ale len jej zvýšené riziko. Pozitívny FOB test môže mať aj veľké množstvo iných príčin, preto ešte nie je dôvodom na paniku, ale je jednoznačne dôvodom na okamžité vyhľadanie lekára, obzvlášť v prípade kombinácie pozitívneho FOB testu a pokrvného príbuzného trpiaceho nádorom hrubého čreva. Keďže sa jedná o skryté (mikroskopické, okultné) krvácanie, krv v stolici obyčajne pacient nepozoruje. Okrem samotnej diagnostiky nádoru hrubého čreva tento skríning v rovnako dôležitej miere odhaľuje i riziko výskytu polypov hrubého čreva (u ktorých môže byť mikroskopické krvácanie vyvolané napríklad mechanickým dráždením stolicou), ktoré sú veľmi často počiatočnou a veľmi jednoducho riešiteľnou fázou nádoru hrubého čreva. V tejto fáze je možné rizikový nález odstrániť priamo počas kolonoskopie – zjednodušene povedané odpálením polypu (endoskopická polypektómia). Ten je následne zaslaný na histologické vyšetrenie (mikroskopické vyšetrenie za pomoci špeciálneho farbenia), ktoré určí jeho typ a teda aj prítomnosť prípadných počiatočných nádorových zmien. Skríningovú kolonoskopiu možno vykonať v dvoch režimoch: 1) Skríningová kolonoskopia pre pozitivitu FOB testu (teda testu stolice na skryté krvácanie, ktorý je v rámci národného skríningu rakoviny hrubého čreva realizovaný pacientom po 50. roku života každé 2 roky), alebo 2) Primárna skríningová kolonoskopia (bez predchádzajúceho vyšetrenia stolice na prítomnosť skrytého krvácania) môže byť každých 10 rokov realizovaná akémukoľvek pacientovi nad 50 rokov. 

– medzi ďalšie dôvody kolonoskopie patria bolesti podbrušia, alarmujúce symptómy (teda striedanie zápchy a bolestí brucha s následnou prudkou a niekedy až bolestivou hnačkou, náhly váhový úbytok spravidla nad 10% hmotnosti v krátkom čase, prítomnosť viditeľnej krvi v stolici, náhla zmena stereotypu vyprázdňovania (defekačného stereotypu), ďalej pravidelné kolonoskopie u zápalových črevných ochorení za účelom sledovania dynamiky ochorenia a efektu liečby, sledovanie pacientov po operácii hrubého čreva pre nádor či iné ochorenie, chronické hnačky, a iné…